De la paix pisane à l'occupation génoise

La Corse connaît une période de prospérité, dont le témoignage le plus frappant est la construction de nombreux édifices religieux (de style Roman Pisan).

Les anciens évêchés de Mariana, Sagone, Ajaccio, Aléria et Nebbiu sont restaurés et on y bâtit des sanctuaires imposants dont deux sont toujours en état : Mariana et Nebbiu.
La réorganisation de l'île par l'église divise la Corse en 90 pieves (régions) avec un curé principal à la tête de chacune. Cette occupation de l’espace permet une certaine hiérarchisation des lieux de culte.
Les impôts sont versés à l'église mais aussi aux seigneurs. L’île connaît la paix et la prospérité.
Mais Pise est jalousée par sa rivale, la république de Gênes, et doit lui céder 3 évêchés sur 6 dès 1133.

Les Génois vont essayer de conquérir la Corse, une longue guerre commence. Ne pouvant pénétrer l'intérieur de l'île, ils s'installent sur les côtes et construisent Bastia en 1383, San Fiurenzu en 1440, Ajacciu en 1492 et Portivechju en 1539. Les Génois mènent une politique de colonie de peuplement en installant des familles de Gênes dans ces villes. Ils font construire des tours de guets tout autour de l'île, on en compte environ 19.
Pour abattre la résistance, vers 1347, les Génois encouragent le peuple à la révolte contre les seigneurs. Sambucucciu d'Alandu prend la tête du mouvement. Dans le Cismonte (en deçà des monts – Terre du Commun) la terre devient propriété des communautés alors que les seigneurs rétablissent leur autorité dans le Pumonte (au-delà des monts – Terre des seigneurs).
En 1405, Vincentellu d'Istria, allié au roi d'Aragon tente de reprendre la Corse aux génois. Il est nommé vice-roi de Corse en 1420 et s'installe à Biguglia qui devient alors capitale de la Corse. Mais en 1433, alors qu'il augmente fortement les impôts, le peuple se révolte et le pousse à s'enfuir en Sicile. Dans sa tentative de fuite, il sera fait prisonnier par les Génois puis sera décapité le 27 avril 1434.
En 1453, Gênes confie la Corse à une banque génoise privée, riche et puissante : l'Office Saint-Georges. Celle-ci s'engage à administrer l'île, à la défendre, à y faire régner l'ordre et la justice mais sont principal but est d'en tirer le plus possible de profit. Après de grands désordres, Gênes lui retirera l'administration en 1562.
En 1571 le nouveau gouverneur génois, Georges Doria accorde une amnistie générale et publie les Statuts Civils et Criminels de la Corse.
Dès le milieu du 17ème siècle, au moment où l'ascension de la France se manifeste à toute l’Europe, la république de Gênes est sur son déclin et ses finances publiques sont délabrées. On note des phénomènes de disette et la pression fiscale de l’état génois devient plus difficile à supporter. Gênes privilégie l’agriculture et surtout l’enclosure des propriétés, ce qui restreint l’espace dévolu à l’élevage. Les éleveurs transhumants seront de ce fait les principaux acteurs de la révolte corse.